异常扣除凭证的增值税和企业所得税如何处理？
哪些增值税专用发票列入异常增值税扣税凭证（以下简称“异常凭证”）范围？
（1） 纳税人丢失、被盗税控专用设备中未开具或已开具未上传的增值税专用发票。
（2） 非正常户纳税人未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的增值税专用发票。
（3）增值税发票管理系统稽核比对发现“比对不符”“缺联”“作废”的增值税专用发票。
（4）经税务总局、省税务局大数据分析发现，纳税人开具的增值税专用发票存在涉嫌虚开、未按规定缴纳消费税等情形的。
（5）商贸企业购进、销售货物名称严重背离的；生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
（6）直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。
（7）增值税一般纳税人申报抵扣异常凭证，同时符合下列情形的，其对应开具的增值税专用发票列入异常凭证范围：
——以上内容，依据国家税务总局公告2019年第38号
增值税一般纳税人取得异常扣除凭证增值税如何处理？
一、增值税一般纳税人取得增值税专用发票列入异常凭证范围的，应怎样处理？
（1）尚未申报抵扣增值税进项税额的，暂不允许抵扣。已经申报抵扣增值税进项税额的，除另有规定外，一律作进项税额转出处理。
（2）尚未申报出口退税或者已申报但尚未办理出口退税的，除另有规定外，暂不允许办理出口退税。适用增值税免抵退税办法的纳税人已经办理出口退税的,应根据列入异常凭证范围的增值税专用发票上注明的增值税额作进项税额转出处理；适用增值税免退税办法的纳税人已经办理出口退税的，税务机关应按照现行规定对列入异常凭证范围的增值税专用发票对应的已退税款追回。
纳税人因骗取出口退税停止出口退（免）税期间取得的增值税专用发票列入异常凭证范围的，按照第1项规定执行。
（3）消费税纳税人以外购或委托加工收回的已税消费品为原料连续生产应税消费品，尚未申报扣除原料已纳消费税税款的，暂不允许抵扣；已经申报抵扣的，冲减当期允许抵扣的消费税税款，当期不足冲减的应当补缴税款。
二、增值税一般纳税人取得的增值税专用发票列入异常凭证范围且已经申报抵扣增值税进项税额的，是否一律做进项税额转出处理？
纳税信用A级纳税人取得异常凭证且已经申报抵扣增值税、办理出口退税或抵扣消费税的，可以自接到税务机关通知之日起10个工作日内，向主管税务机关提出核实申请。经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣、出口退税或消费税抵扣相关规定的，可不作进项税额转出、追回已退税款、冲减当期允许抵扣的消费税税款等处理。纳税人逾期未提出核实申请的，应于期满后按照第（一）项规定作相关处理。
三、纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理？
购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证据的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。【国税发〔2000〕187号】
——以上内容依据，国家税务总局公告2019年第38号
企业取得异常扣除凭证所得税处理
一、如果专票被税务局判定异常凭证，此时还在核实中，但是已经到了企业所得税汇算清缴期，此时能否作为企业所得税扣税凭证？
根据《企业所得税法》第八条规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。因此，如果能够证明企业确实发生了与收入有关的、合理的支出，有银行支付凭证、合同等相关资料证明有关交易符合真实性、合理性、相关性、合法性等原则，是可以作为企业所得税扣税凭证的。
——以上内容，依据《企业所得税法》第八条
二、假设异常扣税凭证性质改变，被稽查协查子系统定义为对方“已证实虚开”，最终，稽查部门认定为善意取得虚开发票，这种情形之下，企业所得税前能否扣除？
（1）首先要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。
根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第十三条规定，企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。
（2）无法补开、更换发票、其他外部凭证，可凭以下资料证实支出真实性后，在企业所得税前扣除。
根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第十四条规定企业个税，企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除（后款第1项至第3项为必备资料）：
——以上内容，依据国家税务总局公告2018年第28号
企业就异常扣除凭证问题出现异议如何维权
一、接到通知后
（1）配合主管税务机关处理要求，需转出或补税时，冷静对待，认真执行。
（2）确定自己业务真实，属于“被殃及”的一方企业个税，如应及时主管税务机关提出核查申请，并提交有关说明材料。
（3）A级纳税信用纳税人可先不转，但必须在10日内提出核实申请，逾期不可享受此权利。
二、提交资料应包括以下内容
（1）相关业务活动的合同或者协议；
（2）对业务活动来龙去脉的详细说明；
（3）采用非现金方式支付的付款凭证；
（4）如是货物，应提供相应运输证明；
（5）货物入库、出库内部凭证；
（6）企业会计核算记录以及其他资料。
三、核实结果
按照公告规定，经税务机关核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，纳税人可继续申报抵扣或者重新申报出口退税；符合消费税抵扣规定且已缴纳消费税税款的，纳税人可继续申报抵扣消费税税款。
感谢您的阅读，请点击右上角“+关注”，每天获取实用好文章！
「理个税」提供最专业财税资讯及中小企业全生命周期一站式管家服务。
以上内容由51税知网整理，希望对大家有所帮助！与智慧同行，开启你的创业之路！
